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【化学组成】成分中的Ca可被稀土元素(主要是Ce)和微量元素Sr作不完全类质同像替代。稀土含量一般不超于5%。按照附加阴离子的不同，磷灰石可分以下亚种：

氟磷灰石(fluorapatite)Ca₅［PO₄］₃F

氯磷灰石(Chlorapatite)Ca₅［PO₄］₃Cl

羟磷灰石(hydroxylapatite)Ca₅［PO₄］₃(OH)

碳磷灰石(Carbonateapatite)Ca₅［PO₄,CO₃(OH)］₃(F,OH)

其中氟磷灰石最常见，它就是一般所指的磷灰石。碳磷灰石由于有［CO₃］^2-代替［PO₄］^3-，出现了剩余的负电荷，为此，［CO₃］^2-与(OH)^-或F^-结合在一起，以离子团形式进入晶格，然而当1个［CO₃］^2-代替1个［PO₄］^3-时，只有0⁴的［CO₃］^2-与(OH)^-或F^-结合，故Ca²⁺可被K⁺、Na+等代替，以达到电价平衡。

【晶体结构】六方晶系；a₀=0.943～0.938nm,c₀=0.688～0.686nm;Z=2。
【形态】常呈柱状、短柱状、厚板状或板状晶形（图H-21）。集合体呈粒状，致密块状。